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一.Why cellranger

Cell Ranger 是由 10x Genomics 公司开发的一款用于处理其单细胞测序（single-cell RNA-seq, scRNA-seq）数据的软件套件。它主要用于将原始测序数据（fastq 文件）转换为可以用于下游分析的格式，比如基因表达矩阵等。

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二、Cell Ranger 能做什么？

1. mkfastq

将 Illumina BCL 文件转换为 FASTQ 格式（调用 bcl2fastq）

2. count

这是最核心的模块：将 FASTQ 数据 → 表达矩阵

包括：

• • demultiplex（识别 barcode）
  • 去除 PCR duplication（用 UMI）
  • 比对（用 STAR）
  • 定量分析，输出表达矩阵和 QC 报告

3. aggr

聚合多个样本（library）分析结果，用于整合多个数据集，统一分析

4. reanalyze

用于对 count 结果再次降维和聚类（不重新比对）

5. vdj

分析 TCR/BCR 重排（如果是免疫相关测序）

三.如何安装cellranger

计算机配置要求：本教程使用ubuntu系统演示

CPU	至少 8 核，推荐 16 核以上
内存	至少 64 GB，推荐 128 GB
硬盘	每个样本可能需要 100 GB 空间（中间文件很多）

【步骤1】首先你需要通过finalshell登录服务器

【步骤2】通过 10xgenomics 官网 找到软件 Cell Ranger

www.10xgenomics.com/software

【步骤3】复制安装代码

然后复制安装命令粘贴到 finalshell控制台

异常情况1

请切换到wget命令

异常情况2

网络卡住没有进度条？ 请用control+c 键kill 重试

【步骤4】下载完成后依次执行

## 解压软件安装包
tar -xzvf cellranger-9.0.1.tar.gz## 移动到指定目录
sudo mv cellranger-9.0.1 /opt/

【步骤五】环境变量（请完整复制 不要修改【如果你版本号调整自行修改】）

echo 'export PATH=/opt/cellranger-9.0.1:$PATH' >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc

测试是否安装成功

cellranger --version

如果输出了 cellranger 9.0.1，说明安装成功。

软件使用模版【测试分析流程】自行调整

cellranger count --id=sample1 \--transcriptome=/path/to/refdata-gex-GRCh38-2020-A \--fastqs=/path/to/fastqs \--sample=sample1

结束

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